小作坊加工許可證辦理主要有以下幾方面困難：

1、生產(chǎn)場地：取生產(chǎn)許可證對生產(chǎn)場地的選址，工藝流程，要求人流物流要分開防止交叉污染，配備設備，通風系統(tǒng)，采光等都有嚴格要求。

2、生產(chǎn)人員：食品生產(chǎn)許可證審核,要求必須要有實驗室,滿足產(chǎn)品出廠檢驗要求。化驗員執(zhí)證上崗，所以需要企業(yè)自己去培訓化驗員.

3、設備設施：取證有明確的生產(chǎn)設備和檢測設備要求.而小作坊對這些設備的投入費用一般都很難承擔.