主要是恢復操作系統(tǒng)、文件系統(tǒng)層的數(shù)據(jù)。這種丟失主要是軟件邏輯故障、病毒木馬、誤操作等造成的數(shù)據(jù)丟失，物理介質沒有發(fā)生實質性的損壞，一般來說這種情況下是可以修復的，一些專用的數(shù)據(jù)恢復軟件都具備這種能力，如winhex，rstudio等。在所有的軟損壞中，系統(tǒng)服務區(qū)出錯屬于比較復雜的，因為即使同一廠家生產的同一型號硬盤，系統(tǒng)服務區(qū)也不一定相同，而且廠家一般不會公布自己產品的系統(tǒng)服務區(qū)內容和讀取的指令代碼。
當主引導記錄因為各種原因（硬盤壞道、病毒、誤操作等）被破壞后，一些或全部分區(qū)自然就會丟失不見了，根據(jù)數(shù)據(jù)信息特征，我們可以重新推算計算分區(qū)大小及位置，手工標注到分區(qū)信息表，“丟失”的分區(qū)回來了。
硬件故障
由于操作不當、意外掉電、使用時間過長等原因引起的磁盤失效、電源不穩(wěn)等問題，而造成的數(shù)據(jù)丟失或無法恢復。
自然因素損壞
由于潮濕、風沙、雷電及意外事故（如電磁干擾、地震）等，也有可能導致數(shù)據(jù)丟失，當然，這一因素的可能性相對較小。
硬件故障數(shù)據(jù)恢復
硬件故障占所有數(shù)據(jù)意外故障一半以上，常有雷擊、高壓、高溫等造成的電路故障，高溫、振動碰撞等造成的機械故障，高溫、振動碰撞、存儲介質老化造成的物理壞磁道扇區(qū)故障，當然還有意外丟失損壞的固件BIOS信息等。
