北京同仁醫(yī)院以醫(yī)院綜合醫(yī)療為主體，北京市眼科研究所、北京市耳鼻咽喉科研究所、北京市糖尿病研究所為附屬科研機構，形成 “一院三所”發(fā)展格局，成為集醫(yī)療、教學、科研、預防、國際交流五位一體的醫(yī)療科研聯(lián)合體。眼科、耳鼻咽喉科為國家臨床重點學科，變態(tài)反應(鼻過敏)科為國家臨床重點專科，中醫(yī)眼科學為中醫(yī)重點學科。

北京同仁醫(yī)院擁有中國工程院院士1名，國家萬人計劃4人，長江學者1名，百千萬工程人選9人，國家杰出青年基金獲得者2名，國家青年基金獲得者1名，享受政府特殊津貼專家11名，榮獲省部級突出貢獻專家15人，北京學者4名，青年北京學者2名，萬人計劃教學名師1人。

北京同仁醫(yī)院作為首都醫(yī)科大學第四臨床醫(yī)學院，醫(yī)院承擔著重要的教學任務;首都醫(yī)科大學北京眼科學院和耳鼻咽喉科學院設在醫(yī)院內(nèi)。醫(yī)院現(xiàn)有研究生學位點28個，其中博士學位點13個;碩士研究生導師163名，其中博士研究生導師67名，國家住院醫(yī)師規(guī)范化培訓專業(yè)基地16個。2012年以來，醫(yī)院獲批項目(課題)243項，獲省部級及以上(含社會力量獎)31項，其中國家獎3項。

北京同仁醫(yī)院眼底科堅持以臨床服務為根本，以科研創(chuàng)新為導向，醫(yī)療、教學、科研、預防發(fā)展的目標，推動了創(chuàng)新型的科學研究工作的持續(xù)開展和學科臨床服務水平的不斷提高。