曾學軍教授在多項首發(fā)基金連續(xù)十年支持下開展大型綜合醫(yī)院與社區(qū)醫(yī)療機構合作模式的研究。2005年始主持《社區(qū)中老年人健康管理規(guī)范》的制訂和推廣，成為國家公共衛(wèi)生規(guī)范項目之一，并于2015年成為國家推薦標準。
在醫(yī)療實踐的同時，曾學軍教授致力于臨床醫(yī)學教育，任美國內科醫(yī)師學會（ACP）Fellow、美國醫(yī)學研究所（IOM）中國醫(yī)學教育代表。曾榮獲北京市高等教育改革二等獎、 “住院醫(yī)師心中好老師”、北京市師德先進個人、北京協和醫(yī)學院教學名師等榮譽，帶領普通內科獲得2015年北京協和醫(yī)學院教學團隊稱號。2019年2月入選十大社區(qū)健康促進首 席專家。
近年來，得益于國家對風濕免疫病投入逐步增加，在SLE科技支撐計劃/863項目、自身免疫性疾病新藥臨床評價研究技術平臺科技重大專項、衛(wèi)計委行業(yè)科研專項等支持下，以北京協和醫(yī)院牽頭，聯合全國近800家風濕病診治中心，已初步形成系統(tǒng)性紅斑狼瘡研究協作組（CSTAR）和國家風濕病數據中心（CRDC）的研究網絡，成為國內的風濕病研究協作組織，創(chuàng)建了中國風濕病信息數據庫、生物樣本庫（CRIP）和規(guī)范化培訓和多學科交流平臺（CREP），啟動了中國風濕病學界的多中心協作研究，發(fā)布了中國風濕病學界的規(guī)范化診治共識。
2020年8月，北京協和醫(yī)院風濕免疫科實驗室完成了靶抗原特異性標志物的全部項目方法學升級，由傳統(tǒng)手工、批量操作、定性檢測的酶聯免疫吸附測定（ELISA）升級為全自動、實時進樣、高通量、定時檢測的化學發(fā)光檢測方法，可檢測自身抗體60余種。這也是國內三甲醫(yī)院第 一條專門用于自身抗體檢測的全自動流水線，日運行通量可達1.5萬次。報告時間縮短到0.5至1個工作日，為患者的精 準診斷提供了重要支撐。
